지난 반 세가 동안 수 많은 연구를 통해서 궤양성 대장염의 병리와 발병 학에 대해서 많은 사실들이 알려지게 되었다. 그러나 아직도 궤양성 대장염의  발병과 병리학에 대해서 일치되는 학자들의 의견은 없다(Weiner, 1977).

  일부 학자들은 궤양성 대장염이 대장 점막에서 시작된다는 주장을 하는 학자들과는 달리 1960년대부터 등장한 면역학에서 궤양성 대장염을 가진 환자들과 그들의 친척들의 절반 정도의 혈청에서 항 대장 항체와 자가 항체들이 존재로 학자들의 주의 관심이 면역학으로 옮아가게 되었다.

 1961년에 트루러브(Truelove, 1961)는 궤양성 대장염을 가진 환자들이 우유 제품을 제외 시킨 음식을 먹었을 때 궤양성 대장염이 완화되어 회복이 되어가는 대신에 반대로 다시 우유 제품이 들어있는 음식을 먹었을 때 증세가 재발하는 것을 발견한 연구 보고서를 발표했다. 더 붙여서 트루러브(Truelove)와 테일러(Taylor)(1961)는 역시 1961년에 우유 속에 들어 있는 락토(우유)알부민과 락토글로볼린 그리고 사제라(우유 속에 인 단백질)에 혈청 속에서 이들에 대항하는 항체들이 궤양성 대장염을 가진 환자들의 대장에 존재한다는 것을 발표를 했다. 이후에 많은 우유와 면역 기능과의 관계된 연구들이 쏟아져 나왔다.

 그러나 이후에 밝혀진 논문들은 궤양성 대장염을 가지지 않는 건강한 사람들 한데서 그리고 궤양성 대장염을 가진 환자들의 친척들 한데서도 10% 정도가 혈청 항체들을 가지고 있다는 연구결과들이 발표 되면서 우유 단백질에 항체의 형성 경향은 궤양성 대장염이 걸리기 이전에 원인이라기 보다 위와 장의 질병의 진행 동안 그리고 진행 이후에 이들 단백질들의 흡수의 증가의 결과로 인정을 하는 쪽으로 바뀌에 되었다.

 궤양성 대장염을 보여주지 않았던 어떤 어린이들 그리고 나이 많은 어린이들 한데서 설사, 출혈 그리고 쇼크 증후군은 우유의 소화 탓으로 돌려졌다. 두 명의 어린이들의 똥에 피가 섞인 혈변을 그리고 7명의 어린이들 한데서 생체 조직 검사의 샘플의 사진은 점막의 파괴, 혈장 세포로 침투 그리고 소낭성 농양이 발견 되었다(Gryboski, 1967). 케츠(Katz et al, 1968)에 의해서 연구되어진 4명의 어린이들 한데서 우유 항체들은 대변에 나타났다. 그러나 혈청에는 나타나지 않았다. 우유를 철회 했을 때 대변으로부터 사라졌다. 트루러브(Truelove, 1961)는 이 증후군을 어린이들이 미성숙하게 젓소 우유를 먹았다는 그 사실 탓으로 돌렸다. 우유 안에 있는 락타제는 염증이 난 내장 질병의 증세들을 과속화 시키는 그 요원으로 암시를 받게 되었다(Fidde & Baume, 1967).

 궤양성 대장염을 가진 어떤 환자들의 혈청은 자가 항체를 포함하고 있었다 - 특별히 인간 태아 대장의 당 단백질 소량에 항체가 있었다(Perlmann et al, 1973). 그들은 궤양성 대장염을 가진 어린이들 30명 중에 20명이 혈청 안에서 이들 항체들을 가지고 있음이 밝혀졌다. 대장 항원에 항 대장 항체들은 건강한 사람들 중에서도 10%가 그리고 궤양성 대장염을 가진 환자들 80명 중에 60% 그리고 크론 질병(Crohn's disease)을 가진 90명의 환자들 중에 70%가 존재 했다(Perlmann et al, 1962). 궤양성 대장염을 가진 환자들 안에서 순환하는 항체들은 인간과 동물의 대장 세포와 그들의 생산물의 다양한 요소들과 반응행동을 한다.

 이 항체가 반응을 하는 항원은 대장의 점막 안에 위치에 있지만 그것은 다른 조직들 안에서도 역시 존재해 있다(Perlmann et al, 1962). 항원이 대장의 표면 피부 세포 질에 존재하고 있고 그리고 대장 점막에 뿐만 아니라 소장의 표피 세포들, 인간 태아의 대장 세포들 그리고 위염 환자들의 표피 세포들에 항원들이 존재하고 있다는 것이 밝혀졌다(Perlmann et al, 1962).